Тоби, исполняя план Мадары, приручил Девятихвостого и напал на Коноху. Чтобы остановить разрушение деревни, Минато пришлось запечатать зверя в Наруто, пожертвовав своей жизнью. Это повлекло за собой большие последствия для Наруто. Он был всю жизнь одинок – родители погибли в ту ночь, а остальные жители деревни избегали его, помня, насколько страшен демон внутри него.
Спустя шестнадцать лет в Конохе появляется Пейн, который собирается захватить девятихвостого для Акацуки. Понимая, что добровольно жители деревни не выдадут Наруто, он сразу переходит к радикальным мерам.
По Конохе разносятся взрывы, призываются монстры, и Пейн начинает выпытывать информацию и уничтожать горожан. Шиноби пытаются противостоять ему, но им не хватает информации о способностях риннегана, который использует Пейн. Хотя некоторым шиноби, удается уничтожить отдельные тела Пейна, это оказывается бесполезно.
Поняв, что и это оказывается не достаточным, Пейн использует особую технику – и полностью разрушает Коноху. В этот момент появляется Наруто. Он овладел техникой саннина и готов к бою. Он сразу нападает на Пейна и показывают приобретенную силу. Но режим саннина временный, поэтому ему приходится выстраивать тактику боя, учитывающую это. Но Пейн тоже замечает этот недостаток техники Наруто, и использует его в своих целях. Он приковывает Наруто к земле и объявляет о своей победе.
На помощь к Наруто приходит Хината. Она признается ему в любви, и вступает в схватку с Пейном. Хотя ее атака заранее была обречена на провал, ее поражение вывело из себя Наруто. Из-за эмоционального потрясения освободилась чакра девятихвостого. Он освобождается от оков и продолжает бой. Лис все больше и больше выходит из-под контроля Наруто, и когда количество хвостов в ауре лиса достигло восьми, Пейн прибегает к технике, которая заключает Наруто в огромной каменной сфере. Наруто готовиться полностью высвободить девятихвостого, и в этот момент, в 167 серии 1 сезона, он видит отца – Минато, пришедшего, чтобы его остановить.
