Нагато был шиноби Деревни Скрытого Дождя и потомком клана Узумаки. Сформировав Акацуки вместе со своими друзьями, такими же сиротами войны, Нагато мечтал принести мир жестокому миру шиноби. Тем не менее, после смерти, Яхико, Нагато принял псевдоним Пейн и в партнерстве с Конан стал лидером нового Акацуки: Акацуки, чьей задачей будет насильное установление мира на земле любыми необходимыми методами.
После его разговора с Наруто Узумаки, Нагато понял свои ошибки и жертвует собой, воскрешая других шиноби Деревни Скрытого Листа.
В 173 серии Нагато вспоминает, как он, Конан и Яхико обучались у Дзирайи. Несколько лет спустя по вине Хандзо, лидера Деревни Дождя, и Дандзо, желавшего добиться поста Хокагэ, погиб Яхико, и тогда Нагато перенимает идею о том, что люди поймут друг друга только после того, как познают боль.
Пейн (Нагато) умрет в 173 серии, отдав свою жизнь, чтобы воскресить всех, кого убил. Он поверил Наруто, что он найдет способ спасти мир.
