«Школа отчаяния» повествует о том, как мальчик Макото Наэги упорно учится, чтобы поступить в лучшую школу в стране. Благодаря усилиям подростку удается исполнить свою мечту, однако все складывается несколько иначе, чем он ожидал. Он получает пригласительное письмо, отправляется в школу, но видит там лишь пустые коридоры. Он бродит по школе и находит спортзал с такими же заплутавшими студентами, которые узнают, что им предстоит выжить в игре со смертью.
Нагито Комаэда, один из героев аниме, представлен дружелюбным, заботливым, наивным и немного навязчивым пареньком, который свято верит в Надежду и ее силу. Однако преимущественно это поведение — всего лишь маска, за которой скрывается личность, ненавидящая и разрушающая себя. Несмотря на то, что он один из умнейших учеников среди героев, он не считает себя достойным участия в дискуссии, поэтому он находится в стороне и дает остальным намеки, благодаря которым те доходят до истины. Жизнь Нагито балансирует между абсолютной удачей и абсолютной неудачей. Считая, что его ошибки могут губить людей, он отдаляется от окружающих и остается один. У него появляется одержимая идея о том, что люди со слабой надежой умирают.
Нагито присоединился к команде Отчаяния Джунко Эношима, по одной из версий, он это сделал для того, чтобы убедиться в несостоятельности этой затеи и доказать силу Надежды. Однако вышло так, что всем членам группы Отчаяния промыли мозги. Нагито повезло, так как на него эта промывка почти не подействовала, однако все же Надежду он сменил на Отчаяние.
Первое появления героя в аниме происходит в «Danganronpa 3: The End of Hope’s Peak Academy» («Снова Здравствуй, Академия Пик Надежды») в первом же эпизоде, когда он стоит у автомата с напитками и не может получить свою газировку из-за неисправности аппарата. Позже в торговый автомат врезается грузовик, и Нагито получает десяток банок вместо одной.
