Четвертая Мировая Война Шиноби приходится на вторую половину 2 сезона аниме. Из всех войн она наиболее кровопролитная, жестокая и опасная. Войну объявляет Мадара Учиха, который пытается завладеть всем миром. Мадара был необычайно силен в своё время (примерно за 100 лет до начала события аниме), а во время войны ему нет равных. Он способен даже одним ударом убить несколько десятков человек. Сцены его битв особенно красочны и интересны.
Война начинается очень неудачно для Пяти Великих Стран и для всех шиноби, так как противниками в войне выступают Мадара, клоны Зецу, способные к регенерации, а также воскрешенные легенды мира шиноби: все погибшие Каге всех пяти стран (в число которых вошли и все 4 Хокаге Конохи).
Целью Мадары и его подопечных было похищение всех хвостатых (в количестве девяти штук) и создании Десятихвостого Монстра, который обладает настолько разрушительной и мощной силой, что способен уничтожить всё живое на Земле. Организация Акацуки возглавляла задание по поимке хвостатых. Дело в том, что Девятихвостые не жили в мире сами по себе, они существовали внутри своих хозяев, которых принято называть Джинчурики. При извлечении хвостатого зверя из его хозяина, человек умирал. Таким образом, Акацуки убили почти всех Джинчурики.
Так как Наруто является Джинчурики Девятихвостого Лиса, за ним также объявили охоту. В целях безопасности героя поместили на специальный скрытый остров, где он учился работать с Лисом и использовать его силу во благо. Наруто удалось подружиться со своим Хвостатым и переманить его на светлую сторону.
Наруто тщательно скрывали от внешнего мира, а ему самому не говорили о начале войны, так как он не смог бы сидеть спокойно, зная, что люди, в том числе его товарищи, гибнут. Совершенно случайно герой с помощью режима отшельника чувствует и видит происходящее в мире. Тогда Ирука сенсей решает больше не врать ему и говорит о войне. Происходит это в 275 серии второго сезона. Наруто отправляется на помощь своим друзьям.
