Сарутоби Хирузен занимал руководящую должность Хокаге целых два раза. Это произошло потому, что после гибели легендарного Четвертого Хокаге посредством совещания было принято решение вернуть Хирузена на этот пост, так как он был ещё жив и пользовался большим уважением среди жителей.
Третий придерживался философского учения, согласно которому жители деревни Скрытого листа (Конохи) — одна большая дружная семья, а сам Хокаге есть лишь её защитник. Всё время пребывания в этой должности Сарутоби верил в эту философию и был доступен для всего своего народа, когда это было необходимо. Хокаге старался принимать только те решения, которые обеспечивали бы благо для большинства, также он разделял свою мудрость со всем народом, а особенно — с учениками.
Учениками Хирузена были три легендарных Санина — Джирайя, Цунаде и Орочимару,. И именно к очень способному Орочимару Третий питал особую симпатию и верил, что тот сможет внести особый вклад в развитие Конохи. Однако Орочимару не было суждено оправдать надежды Хирузена, и он ступил на неправильную дорогу. Сарутоби, будучи очень добрым и теплым человеком, винил лишь себя в том, что Орочимару стал преступником и ушел из Конохи.
Много лет спустя после своего побега из деревни Орочимару возвращается и пытается убить Третьего Хокаге. Их бой длится очень долго (на протяжении около 10 серий). К сожалению, пожилому Хирузену не суждено одолеть своего любимого бывшего ученика, и он погибает от его рук в конце 79 серии 1 сезона, а уже в 80 серии проходят его похороны. Третьему не удается убить Орочимару, но он отнимает у него способность к использованию техник, из-за чего предателю приходится оставить деревню в покое и отступить.
С улыбкой на лице Хирузен героически погибает, защищая свою семью, свою родную деревню.
