Все начинается с того, что преступная группировка Акацуки начинает собирать хвостатых монстров (всего их 9) и убивать их владельцев, которые в аниме названы джинчурики. Как известно, в Наруто также запечатан Девятихвостый Лис, который таит в себе огромный запас силы. Акацуки с помощью объединения всех хвостатых хотят «воскресить» Десятихвостого монстра, чья сила насколько могущественна, что он способен уничтожить все живое на Земле.
Группировке удается собрать семерых хвостатых, после чего они отправляются на собрание пяти Каге (глав всех деревень), где они требуют выдать им Восьмихвостого (джинчурики которого является друг и учитель Наруто — Киллер Би). После отказа Каге Тоби, пришедший на эти переговоры, объявляет начало войны.
В это время Кабуто, союзник Тоби, для увеличения численности армии воскрешает легендарных шиноби, в том числе и умерших членов Акацуки. Среди воскрешенных оказываются и друзья главных героев: Итачи, Асума, Каге разных деревень, Нагато, а также бывшие джинчурики. Проблема лишь в том, что не все воскрешенные могут сопротивляться технике Кабуто, из-за чего они вынуждены подчиняться его приказам. Война начинается в 256 серии, именно тогда происходит объединение шиноби (так как следующие несколько серий посвящены воспоминаниям, многие считают начало войны с 261 серии. Постепенные боевые действия начинаются тогда же).
Для противостояния Акацуки был создан альянс шиноби. Было также принято решение спрятать Наруто и Киллера Би на скрытом и охраняемом острове, где Наруто учили контролировать свои силы. Наруто не сразу узнает о войне, так как в целях безопасности от него скрывают эту информацию. Узнает он об этом случайно (в 275 серии), когда начинает подозревать, что его обманывают. После этого он отправляется спасать друзей.
Продолжается война почти до самого конца аниме, до 475 серии. По сюжету, война длилась всего 2 дня.
