Придёт день, когда это случится. Катаклизм неизбежен. Люди могут подготовиться к нему, постараться приспособиться. Или даже улететь на другую планету. Но что если это произойдёт внезапно и у человечества не будет возможности спастись ? В сериале «Корабль» молодые курсанты морского училища отправляются в учебное плавание. Они молоды и хотят веселья. На корабле царит непринуждённая атмосфера. Но вдруг всё меняется. Страшная катастрофа и почти все города земли под водой. В живых остались лишь немногие. В том числе и курсанты, которые были на корабле.
Постапокалиптический сериал «Корабль» снят по мотивам зарубежного сериала «Ковчег». Сюжет полностью аналогичен. Судно «Бегущая по волнам» выходит в море. На него поднимаются курсанты. Это их учебное плавание. Среди них дочь капитана Алёна. Курсанты прошли строгий отбор. Они решают отметить своё назначение на этот корабль. Но ночью взрывается андронный коллайдер. Вся суша оказывается под водой и только «Бегущая по волнам» остаётся на плаву. Сериал снят в жанре комедии, мистики, фантастики, боевика. Два сезона зритель, вместе с командой, будет бороздить море и искать сушу. Сюжет, помимо сериала «Ковчег», напоминает старый фильм «Водный мир». Также, как и в этом фильме, герои уже, возможно, никогда не будут ходить по сухой земле.
Последний второй сезон наполнен драматическими событиями. Алена по-прежнему в опасности. Герман говорит ей, что уничтожит дорогих ей людей. На корабле готовятся к знаменательному событию. Скоро приземлятся космонавты. Однако потом выясняется, что внутри севшего на воду космического челнока никого нет. На корабле начинают считать, что люди из космоса могут представлять опасность. Различные мутанты, образовавшиеся после взрыва коллайдера, дают о себе знать. Корабль запутывается в водорослях, которые быстро регенерируются. Но команда не сдаётся и противостоит им.
Далее следует много событий. Несмотря на то, что в космической капсуле не оказалось людей, корабль нашёл других четверых выживших. А также ящики с провизией, которая вызывает эпидемию, так как пища просрочена. Ну а затем подтверждается истина, что люди сами по себе опасны другу другу. Обрывается жизнь Даши. Люди, подобранные на корабль, берут оружие и захватывают корабль. Среди них Виктор, Андрей Элеонора. На корабле идёт борьба за вакцину против сибирской язвы. Затем события принимают более позитивный оборот. Макс и Алена собираются пожениться. Один из героев, Ренат, видит впереди сушу. Люди высаживаются на острове, но он начинает двигаться. Оставаться нельзя.
Впереди у команды корабля ещё много испытаний. Одна из героинь, Ракита, серьёзно больна. Корабль оказывается под угрозой гибели, из-за падения в водопад. Но, благодаря сообразительности команды, удаётся пережить этот момент их странствий. Однако команду поджидает новая напасть в виде метановых пузырей. Но опасность миновала. Люди на судне ссорятся. Герман подрался с Максимом и тот его сильно избил. На самом корабле открываются тайны. Найдена плёнка, где показано убийство неких учёных. Потом судно оказывается под воздействием электрического поля, из-за чего все предметы из металла начинают наэлектризовываться. Луч надежды вновь появляется, после случая с островом. На корабль залетает гусь, который наверняка был на суше. Команда даёт ему улететь, но прикрепляет к нему радар. Корабль плывет за ним. Наступают тяжёлые времена. Солнечные батареи перестают давать энергию, не работают фильтры для очистки морской воды. Приходиться всё чинить. После этих событий, Ракита больше не занимает должность старшего помощника на корабле. Им становится Герман.
Последние эпизоды полны испытаний для членов корабля. На Земле появились странные места. Такими являются участки с низкими частотами. Там у людей начинаются разные видения и неприятные ощущения в голове. Команда начинает забывать произошедшие события. Однако Валерия сохраняет рассудок. Виктор оказывается тайным агентом и пытается разыскать чёрный ящик корабля. Однако Герман, ударами тока, восстанавливает свою память. Затем сбегает Элеонора, во время атаки на корабль. Надя узнаёт, что беременна. Похищают Ракиту и Орлушу. Элеонора требует Виктора и чёрный ящик, обещая освободить захваченных ими людей. Находится покинутый корабль, на который отправляется команда корабля главных героев. Капитан находился всё это время в наркозе, но теперь он очнулся. Некоторые члены команды уходят на покинутый корабль, который оказывается испанским.
Возможно, когда-нибудь, герои найдут остров и смогут спокойно жить на суше. Остаётся в конце пожелать удачного плавания судну «Бегущая по волнам».
