1. Где-то в пустынных горах принц по имени Тамино пытается спастись от огромной змеи, взывая о помощи. Она преследует его, и юноша падает, теряя сознание.
Входят три женщины в чёрных платьях. Это фрейлины Королевы ночи. Они бросаются на змею, и убивают её. Они разглядывают лежащего принца, удивляясь его красоте. Дамы рассуждают о том, что нужно рассказать о нём Королеве.
2. Тамино приходит в себя и встаёт на ноги. Откуда-то доносятся звуки дудочки. Входит человек, вся одежда которого сделана из перьев птиц. Это птицелов Папагено.
Принц принял Папагено за своего спасителя. Тот с важным видом принимает благодарность.
Входят три дамы, и объясняют Тамино, что это они спасли его. Они заколдовывают Папагено, за хвастовство навесив на его уста огромный замок.
Фрейлины говорят принцу, что он в Царстве Ночи. Их Царица передала портрет своей дочери, Памины, украденной колдуном. Принц решается спасти девушку.
Появляется сама Царица. Она обещает отдать юноше свою дочь, если он спасёт её. Фрейлины дарят Тамино зачарованную флейту. Папагено отправляют в помощь принцу, снабдив его волшебным колокольчиком. Услышав его звон никто не может устоять от танца.
3. В замке волшебника Зарастро суматоха: мавр Моностатос, который призван охранять Памину, надоел ей своими приставаниями, и она сбежала. Но мавр поймал её и заковал цепью.
Вдруг вбегает Папагено. Они с мавром смотрят друг на друга, и в ужасе с криками разбегаются в разные стороны.
Но вскоре птицелов появляется снова. Он говорит Памине о том, что в неё влюблён принц Тамино, который идёт спасать её. Птицелов предлагает принцессе бежать с ними.
Входит принц, но навстречу ему выходит жрец. Он объясняет юноше, что Королева Ночи обманула его. Царство Зарастро – средоточие справедливости и мудрости. Памина будет счастлива здесь.
Тамино, радуясь, что девушка жива, играет на волшебной флейте. Ему издалека подыгрывает Папагено на своей дудочке. Вдруг перед ними встаёт мавр с охраной. Он уже поймал птицелова с принцессой, но звон волшебных колокольчиков заставляет его танцевать, и те убегают. Толпа радостно встречает появление Зарастро. Памина встаёт на колени перед ним и признаётся в попытке побега. Она жалуется ему на домогательства мавра. Вбегает мавр, и пытается схватить Памину. Но Зарастро решает наказать его самого.
4. После этого маг предлагает принцу и Папагено пройти испытание, чтобы вступить в ряды мудрых. Но он предупреждает, что в случае неудачи они должны умереть. Папагено в страхе хочет отказаться. Но ему обещают в награду жену, и он решается.
Вначале принца и птицелова испытывают на твёрдость. Они не должны поддаваться хитрости. Снова появляются три фрейлины Царицы ночи. Они упрашивают их вернуться к Царице, грозя убить их в случае неповиновения. Тамино не отвечает, чтобы не провалить испытание.
Появляется Памина. Она пытается заговорить с Тамино, но тот молчит в ответ. Девушка решает, что принц разлюбил её. Она в отчаянии хочет убить себя, но её удерживают.
Папагено тоже мечтает о невесте, но рядом с ним оказывается старуха Папагена, на которой он должен жениться. Птицелов соглашается, и старуха превращается в красивую девушку. Но она исчезает.
5. Влюблённым остаётся только испытание огнём и водой, которое они успешно проходят. Папагено же просит, чтобы его отпустили – он вовсе не стремится войти в ряды достойнейших и мудрейших. Ему просто нужна милая жёнушка. Появляется Папагена, и птицелов счастлив.
6. Царица Ночи вместе с мавром врывается во дворец Зарастро, чтобы отобрать свою дочь. Но волшебник побеждает их, и они растворяются во тьме.
