Сериал «Подсудимый» рассказывает об алчности, ради которой человек способен идти на жестокие преступления. В центре событий Андрей Климов — полицейский, который вел дело уголовника по кличке Сорока. В один момент Климов просыпается в тюремной камере, ничего не помня о предшествующих событиях.
У Андрея была абсолютно нормальная семья: любящая жена, дети, но все изменилось в один миг. Возвращаясь после тяжелой смены, конечно, он хотел засыпать и просыпаться в объятиях супруги. Вместо этого он просыпается в следственном изоляторе на металлической койке. В попытке выяснить, что произошло, Климов узнает о прошедших нескольких месяцев, но не может вспомнить подробности. Он не понимает, как оказался в изоляторе. Весть о жестоком убийстве его семьи полностью подкосила Климова, не добавлял оптимизма и тот факт, что в жестокой расправе обвиняется он сам.
До попадания в тюрьму Климов занимался делом Нестерова, который убил женщину в своем частном доме, а потом и собственного брата, который является его точной копией. Завладев именем брата, Алексей становится Дмитрием и живет его жизнью, повесив убийство девушки на него. Только Климов считал Алексея виновным, после чего очнулся в изоляторе.
В попытке вспомнить все, Климов хочет провести следственный эксперимент, так как хочет вернуться на место преступления. Адвокат Андрея — Емельянова — устраивает выезд домой. Там Климов вспоминает, что видел рядом с телом жены камеру, флешку от которой он спрятал в аквариуме. По видео становится понятно, что убийца не Климов, но Игнатьев предоставляет чистосердечное признание самого Андрея. Несмотря на то, что Игнатьев был другом семьи, он позарился на выгодное предложение от Нестерова, обещающего высокую должность. Климов предпринимает попытку самоубийства, но сокамерник по кличке Алтын останавливает его, взяв на себя вину за убийство его жены.
Алтына выпускают из заключения, Емельянова пытается его разыскать на свободе. Оказывается, что тот был соседом Климова. Тем временем на сцене появляется любовница погибшего Нестерова — Николь. Встретившись в отеле, Алексей не узнает Николь. Женщина появляется в квартире его семьи, так как она поддерживает тесную связь с женой Нестерова — Юлей. Назначив встречу за городом, Алексей убивает Николь, когда та ведет телефонный разговор с Юлей. Таким образом, она становится невольным свидетелем совершенного убийства. С горя она напивается, садится в автомобиль и наезжает на человека. Алексей берет вину на себя о попадает в камеру к Климову. Андрей делает вид, что по-прежнему не узнает его, но тот давно вспомнил своего главного врага.
Объявляется дочь Климова — Маша. Чтобы увидеться с дочерью, Климов договаривается с Сорокой. Тот ранит его, подбросив орудие Нестерову, в результате чего раненого Климова доставляют в больницу, куда с воспалением легких положили его дочь.
Климов с еще несколькими заключенными совершает побег из тюрьмы. На свободе он разыскивает Машу, но оказывается, что люди Нестерова добрались до нее раньше. Андрей организует похищение Алексея, чтобы выяснить месторасположение своей дочери, но на завод врывается полиция. Климову приходится убегать, предварительно захватив из тайника нож, которым Нестеров совершил убийство. Алексей хочет обменять улику в обмен на Машу, но обводит Андрея вокруг пальца, получив и нож и девочку.
При помощи бывшего начальника Климову удается задержать Нестерова, отправив нож на экспертизу. Алексей прибегает к помощи отца, признавшись тому в содеянном. Улики оказываются подтасованными, а потом совсем пропадают. Это не ускользает от внимания, обвинения направлены на старшего Нестерова. Алексей открещивается от деяний отца, тем самым сведя того в могилу.
По факту убийства Николь вновь возбуждается уголовное дело, но Климову этого мало. Он хочет доказать, что убийца — Алексей, а не Дмитрий, личиной которого он все это время прикрывается. В этом ему может помочь только Юля, но Нестеров уговаривает жену уехать из города. Они не успевают покинуть аэропорт, так как туда приезжает группа во главе с Климовым. Нестерова задерживают, но адвокат советует ему притвориться душевнобольным. Изображая психически нездорового человека, ему практически удается избежать наказания, но в зале суда появляется Юлия и подтверждает, что перед ними Алексей, а не Дмитрий. Нестерова определяют под стражу, сажают в камеру, где когда-то отбывал наказание Климов. На стене красуется кровавая надпись «Нестеров — убийца».
