Роман «Отцы и дети» — история борьбы двух диаметрально противоположных политических мировоззрений, бытующих среди интеллигенции и разночинцев в XIX веке. Противостояние происходит между двумя группами: старой дворянской интеллигенцией, отличающейся либеральными взглядами, и новым поколением, придерживающимся революционно-демократических взглядов. Действие происходит в 1859 году в губернском городе, в имениях Марьино и Никольское, накануне отмены крепостного права.
Новый тип человека, зарождающийся в описываемой эпохе, выражен в Базарове — твёрдом и решительном нигилисте. Антагонист — Павел Кирсанов — приверженец консервативных взглядов, потомственный дворянин, чтящий патриархальные устои. Он не принимает новых тенденций и движений в обществе, убеждённый в том, что без принципов могут жить только совершенно безнравственные люди. Николай Кирсанов более прогрессивен в своих взглядах, но более мягок и добр, чем брат. Аркадий Кирсанов, увлечённый нигилизмом, также больше относится к «старшему» поколению. Оказавшись в родном имении и всё больше и больше отдаляясь от Базарова, Аркадий Кирсанов отказывается от нигилистических идей, сперва наблюдая жаркие споры Евгения с Павлом, а после – влюбляясь в Катю.
Базаров оказывается в постоянном конфликте с окружением. Общество упорно пытается заставить его избавиться от своих нигилистических воззрений, в том числе и отрицании любви. Именно последний принцип попадает в шаткое положение, так как Базаров влюбляется в Одинцову, но не получает ответа на свои чувства.
Так чем же заканчиваются «Отцы и дети»?
Последние события разворачиваются довольно быстро: Евгений Васильевич Базаров, разговаривая с Фенечкой (возлюбленной Павла Кирсанова) в беседке, целует её. Павел становится свидетелем этой сцены и вызывает Базарова на дуэль. Они решают стреляться без секундантов, приглашают только слугу и пишут предсмертные записки, чтобы снять вину друг с друга. Кирсанов промахивается, а Базаров стреляет ему прямо в ногу. Несмотря на желание Павла продолжить дуэль до смерти, Евгений оказывает ему первую медицинскую помощь. Об истинных причинах дуэли они не сообщают, сойдясь на том, что стрелялись из-за политических разногласий. Именно это событие позволяет Базарову и Аркадию Кирсанову понять, что первому больше нечего делать в имении Кирсановых, а Павлу – признать свои чувства к Фенечке. Николай предлагает брату жениться на ней, хотя был против этого брака.
Базаров уезжает к своим родителям, по пути посещая Аркадия. Он сообщает ему о дуэли. Аркадий, отдалившийся от друга из-за влюблённости к сестре Анны Одинцовой Кате, уже почти не разделяет нигилистические воззрения. Он делает Кате предложение. Базаров укоряет его за это.
Родители рады возвращению сына, но Евгения тяготит жизнь с ними. Он начинает работать лекарем, но чувства мешают ему мыслить рационально и здраво, хотя он полностью убеждён, что держит их под контролем. Из-за неосторожности во время вскрытия тифозного трупа Евгений заражается тифом. Болезнь разворачивается быстро. Базаров не строит иллюзий насчёт своего состояния и понимает, что скоро умрёт. Уже в бреду он просит родителей прислать Одинцову. Базаров признаётся в своих чувствах к ней, укоряя себя за никчёмность и сожалея о своей непродолжительной жизни. Одинцова целует его в лоб. Вскоре Евгений Базаров ссорится с Павлом Кирсановым. Вскоре молодой нигилист умирает.
В январе 1860 года Николай Кирсанов в один день с Аркадием женятся на Фенечке и Кате. Павел едет в Москву по делам, а после — в Германию, чтобы поправить здоровье. Он придерживается славянофильского мировоззрения, хотя не читает ничего русского, а на письменном столе хранит пепельницу в форме мужского лаптя. Живётся ему нелегко, но старается делать добро в меру своих возможностей.
Аркадий и Катя селятся в имении Кирсановых в Марьино. Аркадий вскоре становится отцом и показывает себя как трудолюбивого хозяина – благодаря его усилиям имение начинает процветать и приносить немалые доходы. Николай Кирсанов начинает работать мировым посредником: разъезжает по своему участку, улаживает поземельные споры после проведённой крестьянской реформы.
Одинцова снова выходит замуж, но не по любви, за очень умного человека, доброго, но холодного. Кукшина тоже перебирается за границу и общается в Гейдельберге со студентами-химиками. Ситников остаётся в Петербурге, утверждая, что собирается продолжать дело Базарова.
Жизнь идёт своим чередом, и только родители посещают ухоженную могилу сына и долго молятся.