Итачи рассказал совету старейшинам и Хокаге, что клан Учиха собирается поднять восстание. Данзо предложил Итачи умереть вместе с другими членами клана Учиха или же занять сторону деревни и убить всех Учих, кроме его младшего брата.
Итачи предстал перед выбором: деревня или клан… После чего Итачи встретился с Мадарой… и уже после этого уничтожил весь клан. Во время убийств он столкнулся с своим отцом и сказал, что он таким видит свое будущее и будущее своего клана, но отец не собирался сражаться насмерть со своим сыном. И отец и мать все понимали мысли и действия своего сына, а отец попросил одного — что б он позаботился о Саске, и не смотря ни на что, отец сказал, что он гордиться Итачи.
За одну ночь Итачи и Тоби вырезают весь клан Учиха. В аниме, Тоби ликвидирует боеспособную часть клана Учиха, атаковав непосредственно штаб-квартиру Военной Полиции Конохи и позволив тем самым вырезать гражданскую часть жителей без особого сопротивления. Также в аниме, Тоби тайно забрал для себя несколько трупов Учих. Итачи ожидал, что Фугаку станет сильнейшим противником среди остальных и поэтому вошёл в его дом с особой осторожностью. К его полному удивлению, оба его родителя были готовы принять свою смерть вместо того, чтобы сражаться с сыном. Они оба уважали решение Итачи встать на сторону деревни вместо клана и лишь попросили его присматривать за Саске в будущем. После этого он со слезами на глазах убил их прямо перед тем, как Саске вернулся домой из Академии.
Итачи вырезает клан Учих в 2 сезоне 135 серии.
https://youtu.be/kE2ouwFyBYI