После победы над Итачи Саске встречается с Тоби, который рассказывает ему всю правду о событиях во время уничтожения клана Учиха. Коноха находилась в напряженном состоянии. Клан Учиха, осуществляющий полицейские функции, испытывал недовольство об их устранении от управления деревней. Готовился переворот, и Данзо решил, что единственным способом помешать этому является уничтожение клана. Он предложил это сделать Учихе Итачи, одному из лучших членов АНБУ. В замен он разрешил ему оставить в живых его младшего брата Саске. Если бы Итачи отказался, Данзо нашел бы другой способ, но Саске был бы также обречен. Поэтому Итачи согласился.
Саске возненавидел Коноху и, в частности, Данзо. Через некоторое время после боя с Восьмихвостым, Саске встречается с Тоби, который обвиняет его в том, что он принес не тело Киллера Би, а часть щупальцы, трансформированной под тело. Но Саске уже не испытывает интереса к Акацуки, поэтому игнорирует его. Тоби удается привлечь внимание Саске тем, что пять деревень создали Альянс Шиноби, и главы деревень сейчас устроили собрание. Среди них также и временно исполняющий обязанности Хокаге Данзо. Поэтому, вместе с Тоби, Саске отправляется к ним.
Они устраивают совместное нападение, в ходе которого Тоби объявляет Альянсу войну. Данзо сбегает, и Саске приходится сражаться с Райкаге и Казекаге.
Но вскоре он настигает Данзо. Ему с легкостью удается атаковать противника насмерть. Но Данзо вновь предстает живым. Это происходит из раза в раз. Атаки достигают цель, но не дают результата. Данзо снимает повязку с руки, и открывает свой секрет. Его рука покрыта пересаженными шаринганами, изъятыми из погибших членов Учиха. Данзо использует технику Изанаги, стирающую грань между иллюзией и реальностью. Человек, использующий Изанаги, умирает только в иллюзии, которая рассеивается, и он вновь оказывается живым. Но Саске удается победить его.
В 211 серии Данзо совершает самоубийство, пытаясь забрать с собой и Саске. Но Тоби спасает Учиху.
