С детства Конан была сиротой: во время Второй Мировой войны шиноби она потеряла всю свою семью, из-за чего была вынуждена заботится о себе сама. Вскоре она сдружилась с сиротами Яхико и Нагато, и они стали жить вместе. Во время одной из операций на детей наткнулись три легендарных санина, и Джирайя, проникнувшийся теплом к детям, решил остаться с ними и обучить их необходимым навыкам. Через несколько лет Джирайя покинул своих учеников, так как убедился, что его воспитанники смогут постоять за себя. Ребята же загорелись идеей восстановления мира на Земле и прекращения войн.
Все трое стали известными благодаря своим умениям и талантам. Они создали организацию Акацуки, которая должна была бороться за мир во всем мире. Их всех возглавил Яхико, который с детства отличался лидерскими навыками. У Конан и Яхико со временем развивались взаимные чувства друг к другу.
Из-за распространения идей Акацуки глава деревни Дождя Ханзо начал считать, что организация угрожает его правлению. Ханзо притворился, что хочет объединиться с Акацуки для восстановления баланса в мире шиноби, а сам в это время похитил Конан, а Нагато приказал убить своего лучшего друга Яхико. Яхико, не желая подставлять друзей, сам напоролся на кунай друга и погиб.
После смерти лидера Конан и Нагато изменили свои взгляды и сочли, что люди не способны ценить мир ровно до тех пор, пока не потеряют его. Они приняли решение показать миру ценность жизни через боль, потери и страдания. Лишь с помощью Узумаки Наруто друзьям удалось изменить свой взляд на жестокий мир шиноби. Конан поручает Наруто изменить этот мир и покидает Акацуки. Сама она гарантирует Наруто поддержку во всем.
Конан забирает тела Нагато и Яхико и сооружает для них отдельную святыню, где они покоятся на бумажных цветах. Когда Тоби пытается найти Нагато и забрать его риннеганы, Конан отказывается выдавать ему местоположение тела друга. Происходит ожесточенная битва, в ходе которой Конан погибает. Происходит это в 253 серии 2 сезона («Мост к миру»).
