Действие происходит в 1881 году. На сцене театра идёт репетиция оперы «Ганнибал». Главную роль исполняет Карлотта Джудичелли.
В театре появился директор оперы. Месье Лефевр привёл с собой двух господ. Месье Фирмен и месье Жиль Андре теперь новые директора театра. Новые директора любуются прекрасным балетом. Их внимание привлекла Кристина. Мадам Жири сообщила, что девушка живёт при театре со дня смерти своего отца, известного скрипача.
Новые владельцы просят Карлотту спеть. Во время исполнения арии задник декорации падает на Карлотту. Рабочий сцены утверждает, что это проделки призрака. Примадонна в гневе покидает театр. Мадам Жири предлагает дать возможность Кристине спеть. Голос девушки прекрасен. Виконт де Шаньи узнал в Кристине ту девочку, с которой играл в детстве.
Мег спрашивает Кристину, кто научил её так прекрасно петь. Девушка рассказала подруге о том, что отец обещал прислать к ней Ангела музыки. И он сдержал своё обещание.
Рауль приглашает Кристину на ужин. Девушка хочет отказаться. Она говорит, что Ангел музыки очень строг. В комнате Кристины раздаётся чудный голос. Кристина проходит через зеркало. Она следует за загадочной фигурой в чёрном плаще. Лицо неизвестного скрыто под маской.
Призрак ведёт девушку по таинственным коридорам. Великолепные статуи и горящие свечи встречают их. В лодке призрак везёт девушку по подземному озеру. По пути он приказывает ученице петь вместе с ним. Лодка достигла убежища Призрака. Кристина испугана куклой, одетой в свадебный наряд. Она похожа на девушку. При её виде Кристина теряет сознание. Утром она проснулась от звуков музыки. Девушка сняла маску с лица Призрака, чем разгневала его.
Директора получили письма от Призрака. Он напоминает об успехе Кристины, а также об своём жаловании. В театре появляется и Рауль. Он получил письмо. В нём написано, что виконту не следует искать Кристину. Ангел музыки взял её под свою опеку. Примадонна тоже получила письмо. В нем написано, что место Карлотты займёт Кристина.
Призрак оперы вернул Кристину в театр. А ещё он приказал отдать роль графини девушке, а роль пажа—Карлотте. Если его не послушают, случится несчастье. Карлотта в гневе. Директора уговаривают её остаться.
Опера началась. Карлотта исполняет роль графини. Роль без слов отдали Кристине. Все услышали голос Призрака. После его грозных слов примадонна потеряла голос. Чтобы успокоить публику, директора просят всех посмотреть балет. Во время балета с потолка обрушилось тело Буке. Призрак повесил его. Кристина говорит Раулю, что боится Ангела музыки. Виконт признался девушке в любви. Призрак слышит его слова.
В театре устроили маскарад. На него явился и Призрак. У него есть что сказать всем присутствующим. Кристине Призрак сказал, что девушка принадлежит ему. Рауль преследует его, но виконта остановила мадам Жири. Она поведала Раулю историю Призрака.
В театре готовят к постановке оперу «Дон Жуан». Кристина навещает могилу отца. Из часовни она слышит прекрасный голос. Девушка идёт к часовне, но её остановил Рауль. Начинается поединок Рауля с Призраком. Но Кристина остановила жениха. Влюблённые убежали. Призрак объявляет им войну.
Опера началась. На сцену выходит Дон Жуан. Во время исполнения партии Кристина сняла маску с партнёра. Все увидели жуткое лицо Призрака. Он проваливается под сцену вместе с Кристиной.
Призрак уже в своём убежище. Кристина с ним. В подземном убежище появился Рауль. Призрак хочет убить его. Он велит Кристине выбирать. Если девушка останется с ним, Рауль будет жить. И Кристина сделала свой выбор. Она готова остаться с Ангелом музыки. Доброта Кристины поразила Призрака. Он отпустил девушку и Рауля.
Когда люди ворвались в убежище Призрака оперы, они не нашли его. Мег нашла только маску.