В майский вечер на Патриарших прудах председатель Массолита Берлиоз и поэт Иван Бездомный встретили специалиста по чёрной магии. Один глаз у него был чёрный, второй зелёный. Собеседник предсказал Берлиозу скорую смерть. Михаилу Александровичу отрезало голову трамваем. Поражённый Иван попытался задержать профессора и просил помощи у регента с глумливой физиономией. Попытки поймать странную парочку, к которой присоединился огромный чёрный кот, ничего не дали.
В ресторане «Грибоедов» Иван ударил кого-то, требовал помочь поймать консультанта и оказался в психиатрической лечебнице с шизофренией.
Степа Лиходеев, директор Варьете, живший в квартире №50 в доме 302-бис на Садовой улице проснулся и увидел у себя странного человека. Посетитель представился профессором чёрной магии Воландом. Он подписал контракт с Варьете. Воланд и его свита поселились в квартире №50, а Лиходеева гипнозом бросили в Ялту.
В лечебнице Иван встретил Мастера. Он рассказал поэту свою историю. Однажды он познакомился с женщиной. Она была замужем. Маргарита и Мастер полюбили друг друга. Мастер писал роман, Маргарита поддерживала его. Мастер решил роман напечатать, и его жизнь превратилась в кошмар. Мерзкие статьи в газете, тюрьма после жалобы соседа, Алоизия Могарыча, и психбольница сломили Мастера.
Свита Воланда продолжала шутки. Никанор Иванович Босой, председатель домкома, арестован за хранение валюты. На сеансе в Варьете раздавали женские платья и обувь, а потом вещи исчезали с их обладательниц на улице. Деньги, падавшие с потолка, превращались в странные предметы. А конферансье Жорж Бенгальский искал оторванную Коровьевым голову.
Были и другие пострадавшие. Буфетчик Соков, узнавший, что скоро умрёт, дядя Берлиоза Поплавский, бухгалтер Варенуха, превращённый в вампира и напугавший финдиректора Римского вместе с Геллой, служанкой Воланда.
Из-за шутки Коровьева целый коллектив пел против воли. Всех увезли в психиатрическую лечебницу. Пострадал от свиты Воланда и Прохор Петрович, председатель Зрелищной комиссии. От него остался костюм, который разговаривал.
Домработница Маргариты Наташа рассказала ей о сеансе в Варьете. Маргарита повстречала Азазелло, который пригласил её в гости и Воланду. И обещал, что там Маргарита узнает о Мастере. Она согласилась, в нужный час намазалась кремом Азазелло и увидела, что может летать. Маргарита разнесла квартиру критика Латунского, который погубил Мастера.
На балу Маргарита увидела много удивительного — умершие висельники и убийцы, убийство барона Майгеля. Когда бал закончился, она попросила, чтобы Фриде, удушившей ребёнка платком, платок не подавали. Ей вернули Мастера. Влюблённые вернулись в подвал.
К ним пришёл Азазелло. Он угостил их вином, и Мастер и Маргарита умерли для людей. Мастер получил покой по просьбе того, о ком он написал роман. Перед тем как уйти, он навестил Ивана. По вине Коровьева и Бегемота сгорел ресторан «Грибоедов» и магазин, где торговали на валюту. Сгорела и квартира №50.
История Пилата и бродячего философа Иешуа Га-Ноцри гармонично вписана в роман. Иешуа был арестован после предательства Иуды. Прокуратор не смог спасти Иешуа, и тот был казнён на столбе вместе с двумя разбойниками. А Иуда был убит по приказу прокуратора.
Мастер отпускает Пилата словами: Свободен! Он ждёт тебя. Воланд и его свита улетели, Мастер и Маргарита получили тихое пристанище. Прохор Петрович вернулся в костюм, Николай Иванович, превращённый в борова, на котором летала Наташа, сожалел, что не улетел с ней.
А Иван Николаевич Понырев, бывший поэт Бездомный, страдает каждое полнолуние, пока к нему не приходит Мастер. Иван засыпает, и до следующего полнолуния его не потревожит никто. Ни безносый убийца Гестаса, ни пятый прокуратор Иудеи всадник Понтий Пилат.
