По хронологии фильм «Красный дракон», основанный на одноименном романе Томаса Харриса, является второй частью истории о виртуозном каннибале. В самом начале он предстает интеллигентным и уважаемым в светском обществе врачом. Также он является одним из членов местной филармонии. Однажды после очередного концерта Лектер приглашает гостей на ужин, где даёт им попробовать необычный паштет. На вопросы, из чего сделано это блюдо, доктор вежливо отказывается отвечать, оставляя гостей в неведении.
Той же ночью его посещает агент Уилл Грэм, расследующий дело о массовых убийствах людей. У всех жертв пропадали органы и отдельные части тела. Агент начинает догадываться, что опасный преступник, пожирающий своих жертв, есть сам Лектер. Ганнибал нападет на агента, но тот успевает обезвредить убийцу; вскоре он отправляет его в специализированную лечебницу для душевнобольных.
За время ведения этого долгого расследования агент Грэм сильно истощился и физически, и морально, из-за чего решает отойти от дел и уйти из ФБР. Грэм поселяется с семьей во Флориде и живёт спокойной жизнью несколько лет до тех пор, пока на пороге не появляется бывший коллега с важной просьбой. Он просит Уилла о помощи в расследовании, связанном с очередным серийным убийцей (которого в СМИ прозвали «Зубной феей»), на что Грэм не сразу, но соглашается.
Расследование начинается, однако через какое-то время оно заходит в тупик. Грэм понимает, что для понимания логики маньяка им необходима помощь профессионального серийного убийцы, поэтому отправляется прямиком к Лектеру. Ганнибал из азарта и интереса соглашается помочь властям. Сразу же Лектер советует агентам проверить дом жертв, где обнаруживается видеокассета, на которой агенты распознают особая метку убийцы — иероглиф «Красного дракона» из японской настольной игры.
Сюжет фильма переносит нас к тому самому серийному убийце — Френсису Долархайду, который работает в фотостудии, где знакомится с незрячей девушкой Рибой. Она ещё сыграет свою роль. Убийца пишет личное послание Лектору, а ФБР подвергает анализу это письмо. Серийные маньяки начинают общаться, и в одном из писем Ганнибал сообщает домашний адрес Грэма Френсису. В ответ на это агенты с помощью публикации в газете пытаются разозлить Долархайда и вывести его на эмоции. Для этого они обращаются к репортёру Лаундсу, который быстро попадает в ловушку «Зубной феи». Долархайд показывает репортеру своё тату, имеющее особый смысл, и заставляет его записать сообщение, в котором Лаундс говорит о перевоплощении Красного Дракона. После этого Долархайд избавляется от репортёра.
После происшествия агент Грэм безуспешно пытается договориться с Лектором. В это же время у Долархайда и его коллеги из студии Рибы развиваются романтические отношения. Однажды во время свидания Долархайд, воспользовавшись слепотой девушки, смотрит видеоматериалы со своими будущими жертвами. После этого она, ничего не подозревая, соблазняет Долархайда. Буквально на следующее утро маньяк отправляется в музей, в котором хранится оригинал рисунка, в виде татуировки изображенный на его спине, и съедает его.
В это же время Грэм изучает видеокассету и догадывается о месте работы маньяка. Долорхайд, чувствуя надвигающуюся опасность в лице властей, оперативно убивает бывшего парня Рибы, а её саму берёт в заложники, после чего имитирует самоубийство, поджигая собственный дом. Благодаря этому хитрому ходу он выигрывает время для побега с места происшествия. Девушка с трудом выбирается из дома, а на месте пожара находят останки мужчины с пробитым черепом. По ошибке агенты принимают это тело за труп самого Долорхайда.
Начальнику Грэма докладывают, что обнаруженный труп не принадлежит маньяку. В это время Долорхайд выслеживает семью Грэма и нападает на них. Вовремя подоспевший Грэм предугадывает действия убийцы и расправляется с ним, спасая своего сына, который был в качестве заложника Долорхайда.
Фильм завершается сценой, в которой Ганнибала Лектора навещает Клариса Старлинг из ФБР, что является отсылкой к знаменитому продолжению с Джоди Фостер в главной роли.
